1. 植物药材样品
　　对于中药材原植物，采集用作DNA条形码研究的实验材料应为健康、新鲜、没被真菌、细菌和病毒等感染的叶片、花、芽、果实或种子等组织或器官，要遵循一定的采样规范，注意样本个数、压制凭证标本、拍摄原植物照片及生境照片，并详细观察记录原植物形态特征，同时用GPS仪定位，记录海拔高度等。
　　一般来说，新鲜材料采集后最好及时提取DNA，如在野外，不便提取，则应尽可能快的放在避光的冷环境中，如液氮罐、干冰箱、冰壶、冰袋中，并尽快运回实验室处理备用。对于那些分布在远离实验室的交通极为不便的边远地区，要采集和及时运输新鲜材料提取DNA十分困难，目前普遍采取的取样和保存植物样品的方法是硅胶干燥法。
　　干燥时应注意以下事项：
　　（1）对于易失水的遗传物质材料（如纸质叶或幼嫩叶等），在采集后应立即放入柔软且通气性好的纸袋内，将纸袋直接放入装有硅胶且密封较好的自封袋中进行快速干燥，这样可使纸袋中的样品与硅胶能全面接触；同时有效防止干样品在运输过程中与硅胶碰撞发生破碎；样品与硅胶分开放置，硅胶可以反复利用。为保证遗传物质材料能快速干燥，同一份遗传物质材料不能过多，可放入不同的纸袋中进行干燥。一旦发现硅胶从深蓝色变成粉红色，要及时更换新的硅胶；
　　（2）对于不易失水的遗传物质材料（如革质叶或蜡质叶等），在采集后可放置一段时间（在叶片脱水前），然后再干燥；或者采集后立刻放入硅胶的自封袋中干燥。一般来说，硅胶与叶片的比例至少要10:1，以保证叶片在12h之内干燥；
　　（3）对于难于用硅胶快速干燥的遗传物质材料（如较厚或多浆的叶片或种子等），可将这些材料碎成小片后放入纸袋中用硅胶快速干燥；
　　（4）同种不同个体的遗传物质材料不能混在一起采集，应分开保存干燥；
　　（5）确保将遗传物质材料和具有其采集编号及其它信息的标签一起处理，干燥遗传物质材料的小袋上也应提供相同的信息，做到一一对应。
　　对于采集回来的新鲜样品如要长期保存，应经液氮处理后贮存在-80℃冰箱或直接储放于液氮中，且在与提取缓冲液接触前，应防止冰冻的样品在空气中融化，否则酚类易被氧化。对于已干燥好的植物材料，仍可置于塑料袋中，并留有少许硅胶，放在室温下的干燥器中几个月或长期储存在-80℃待用，但注意要密封好，以防吸潮。

　　2. 动物药材样品
　　动物样品的常用取样方法有三种，即伤害性取样、非伤害性取样和非损伤性取样（周丽等，2008）。伤害性取样就是通过杀死动物而获得新鲜的肌肉、肝脏和血液等组织样品。这种取样方法对常见一般性动物来说或许可行，但对于珍稀濒危动物而言则不现实。非伤害性取样是通过捕获动物来抽取血液、采集毛发或羽毛、耳、尾、腿或趾等可再生的组织结构做分析样品。虽然该方法不至于导致动物死亡，但对动物特别是珍稀濒危动物会或多或少造成伤害。非损伤性取样就是在不触及或伤害野生动物本身的情况下，通过收集脱落的毛发或羽毛、排泄物、角、鳞片、皮和卵壳等不同形式的分析样品的一种取样法。
对动物样品取样后，可以及时提取DNA，或者进行处理后有效保存一段时间。一般来说，对于动物新鲜样本或买回的动物药材可以晒干或晾干，然后再保存起来，最好冰冻保存，不过要注意避免吸潮，其DNA虽有一定程度的降解，但基本不会影响DNA条形码片段的扩增。此外，低温贮藏（用液氮或干冰冰冻，然后于-70℃或超低温下保存）已证明是保存组织最有效的方法。但是，在野外条件下，液氮和干冰以及超低温操作的不方便，限制了低温贮藏在野外采集中的应用，所以还可以采取一些非低温保存方法。
　　组织的非低温下保存方法常用有以下几种：
　　（1）乙醇保存是一种广泛应用的动物组织保存方法。乙醇保存组织时：将组织切成小块（越小越好），然后浸泡在95%乙醇中（最好是用纯乙醇），或将小型昆虫直接浸泡在纯乙醇中。浸泡1-2小时后，换用新的纯乙醇浸泡。浸泡数天后，换用大体积的纯乙醇浸泡并贮藏于阴凉地方（最好是在冰箱或4-8℃冷室中保存）。乙醇保存，4℃下贮藏比室温和-20℃下贮藏效果好。贮藏在70 %乙醇下样品DNA产量低且降解严重，但含50mmol/ L 乙二胺四乙酸二钠 (EDTA) 的70 %乙醇能有效防止降解（王义权等, 1999；蔡振媛等, 2006）。
　　（2）DMSO盐溶液（20% 二甲基亚砜，0.25M EDTA，用氯化钠饱和，pH 值为7.5）。据报道，鸟组织碎片在DMSO盐溶液中室温下能保存24周，从室温DMSO盐溶液保存的组织样品中提取的DNA质量与贮藏在-70℃下保存的组织样品一样。
　　（3）对于小型昆虫，丙醛保存样品DNA产量高但降解严重。标本用硅胶片干燥保存时，同样可以得到好的结果，但是DNA降解较严重，而用甲醇、甲醛和Carnoy溶液效果较差。在昆虫样品的保存中，要避免酸性防腐剂和固定液。
　　（4）用硫氰酸胍缓冲液（4M硫氰酸胍，2%N-十二酰-肌氨酸，50mM Tris-HCl（pH 7.4），50mM EDTA和0.01%β-巯基乙醇）保存各种组织和细胞样品，如昆虫、脊椎动物、软体动物、线虫等，经实验发现此缓冲液室温下可以有效保存组织样品。