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方法与流程
物种鉴定流程
发布者： 发布时间：2012.10 附件下载
将获得的序列应用BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）方法进行结果判定，BLAST法是通过两两序列局部比对来查询数据库中与之最匹配的序列。BLAST结果中相似性最高的序列对应的物种为查询序列对应的物种。可以在中药材DNA条形码鉴定系统或GenBank数据库中进行BLAST鉴定。
1）以中药材DNA条形码鉴定系统网站BLAST鉴定为例，操作流程如下：
（1）打开中药材DNA条形码鉴定系统网址（http://www. tcmbarcode.cn），进入中药材DNA条形码鉴定系统主页。
（2）点击“物种鉴定”进入如下页面。
（3）根据需鉴定物种的种类，选择对应的鉴定数据库，如点击植物类药材鉴定（ITS/ITS2）。
（4）复制需要鉴定的物种序列，在“植物类药材鉴定（ITS/ITS2）”的序列输入栏粘贴需要鉴定的序列，点击左下角的提交按钮，进行BLAST鉴定。
（5）在BLAST比对结果中，首先看到查询序列，也就是对输入的查询序列进行比对，确保输入序列无误。“物种鉴定结果”栏显示与查询序列最接近的物种为人参Panax ginseng，在“序列比对信息”栏可以查看相关比对信息，如序列相似性，分值和E值。
2）以GenBank数据库BLAST鉴定为例，操作流程如下：
(2). 在Enter Query Sequence中粘贴入需要校对的序列（Query）（建议用fasta格式）。
(3). 在Choose Search Set中选others（nr etc.）数据库。
(4). 点击左下角BLAST
(5). 在BLAST结果中，Descriptions项下查看序列相似性（Max ident）最高的物种，即为查询序列对应的物种。如下图所示，BLAST鉴定结果为人参Panax ginseng C. A. Mey.。