1. PCR扩增
　　聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction，PCR）是快速扩增DNA序列最常用的方法。首先待扩增DNA模板加热变性解链，随之将反应混合物冷却至某一温度，这一温度可使引物与它的靶序列发生退火，再将温度升高使退火引物在DNA聚合酶作用下得以延伸。这种热变性→复性→延伸的过程就是一个PCR循环，PCR就是在合适条件下的这种循环的不断重复。
　　ITS2片段扩增正向引物ITS2F：5′-ATGCGATACTTGGTGTGAAT-3′；反向引物ITS3R：5′-GACGCTTCTCCAGACTACAAT-3′。psbA-trnH片段扩增正向引物：5′-GTTATGCATGAACGTAATGCTC-3′；反向引物：5′-CGCGCATGGTG-GATTCACAATCC-3′。COI序列扩增正向引物HCO2198：5′-TAAACTTTCAGGGTGACCAAAAAATCA-3′；反向引物LCO1490：5′-GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG-3′。PCR反应体系以25 μL为参照，反应体系为：PCR Buffer（10×）2.5 μL，MgCl2 2 μL（25 mmol/L），dNTPs混合物2 μL（2.5 mmol/L），上游和下游引物各1.0 μL（2.5 μmol/L），模板DNA，Taq DNA聚合酶1.0 U，加无菌双蒸水至25 μL，也可根据具体情况加以调整。应设置未加模板DNA的阴性对照。ITS2序列扩增程序：94℃，变性5 min；94℃变性30 s，56℃退火30 s，72℃延伸45 s，40个循环；72℃延伸10 min。psbA-trnH序列扩增程序：94℃变性5 min；94℃变性1 min，55℃退火1 min，72℃延伸1.5 min，30个循环；72℃延伸7 min。COI序列扩增程序：94℃ 1 min；94℃ 1 min，45℃ 1.5 min，72℃ 1.5 min，5个循环；94℃ 1 min，50℃ 1.5 min，72℃ 1 min，35个循环；72℃ 5 min。其他DNA条形码序列PCR扩增引物应参考相关研究结果。
　　模板DNA浓度也是影响PCR扩增效果的一个重要因素。在最初扩增时需根据具体样品，设计模板浓度梯度，考察模板适宜浓度，以获得理想的扩增条带。
　　采取琼脂糖凝胶电泳方法检测PCR产物。电泳后，阴性对照应无条带，目的产物如条带单一，可直接测序；如有多条带或出现拖尾现象，则需在紫外光下快速有效地切下所需片段所在位置的凝胶，然后再选用琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒纯化回收，回收后的产物还要进一步经琼脂糖凝胶电泳检测后，测序。
　　2. 序列测定
　　测序原理同Sanger测序法，PCR扩增引物作为测序引物，使用DNA序列测序仪进行双向测序，目前各地均有专业的测序服务公司进行DNA测序服务。