中药材DNA的提取都包括破碎细胞、释放核酸，DNA的分离和纯化，DNA的浓缩、沉淀与洗涤等步骤。
　　1.试剂盒法（适用于动物、植物和真菌类药材）
　　使用试剂盒与其他方法相比较更省时省力，方法相对简洁、易控，对于普通样品大多数实验室可采用商业化的试剂盒提取DNA。具体操作步骤参照相关试剂盒的说明书，使用时可根据需要进行调整，在大多数动物药材、植物药材中都获得了较为理想的结果。
　　2.CTAB法（适用于植物和真菌类药材DNA提取）
　　一般操作方法如下：
　　①原药材用无水乙醇擦洗表面后，用刀片取其内部组织0.02～0.1 g，在液氮中迅速研磨使呈糊状或粉状，在研磨时及时加入少许抗坏血酸钠和PVP干粉（加入量视样品材料而定），或用研磨仪进行研磨。
　　②将糊状或粉状物转入1.5～2 ml离心管后，加入600～1000 μl 65℃预热的2% CTAB提取液（2% CTAB，100 mM pH8.0 Tris-HCl，1.4 M NaCl，20 mM EDTA），0.1%-2% β-巯基乙醇，放入水浴锅中65℃保温30～60分钟（对于保存时间较久的样品，可适当增加水浴时间），其间温和混匀数次。
　　③12000 r/min离心10分钟。将上层的溶液转入另一个1.5 ml的离心管，加入等体积的氯仿-异戊醇（24∶1），缓慢翻转离心管使内含物充分混匀后形成乳浊液，在12000 r/min离心10分钟，小心取出上清液转入新离心管。
　　④重复上述步骤一次。
　　⑤取上清液，加入2/3体积的－20℃预冷的异丙醇，置于－20℃ 30分钟或过夜。
　　⑥在12000 r/min离心10～20分钟收集沉淀，70%～75%乙醇清洗，室温下或超净工作台中自然风干DNA。
　　⑦将此沉淀加入合适体积的无菌双蒸水或TE缓冲液，4℃保存备用或放入－20℃保存。
　　3.中药材DNA提取注意事项
　　由于植物类中药材数量繁多，可根据所研究中药材的具体情况对提取方法加以改进。中药材植物细胞内储存了大量的种类繁多的次生代谢产物，例如多糖、多酚、乳汁、树脂等，这些物质在提取DNA的过程中与DNA共沉淀，形成黏稠的胶状物难以溶解或产生褐变，严重影响DNA提取的产量与质量，以及后续的PCR扩增。对中药材中酚类物质的去除，一般是在提取液中加入适量的抗氧化剂和螯合剂，防止多酚类成分氧化褐变。在提取DNA过程中加入β-巯基乙醇，可以抑制氧化反应，避免褐化。在样品液氮研磨及提取缓冲液中加入高分子螯合剂PVP等能络合多酚和萜类物质，离心或氯仿抽提除去，有效地防止多酚物质氧化成醌类，避免溶液变褐。其用量视杂质的多少而定，一般在1%～6%之间。PVP同时能有效去除多糖。因此将PVP和β-巯基乙醇配合使用并调整用量，能够有效地防止多酚污染。必要时，选择合适的试剂盒进一步纯化DNA。对于多糖含量高的类群，CTAB浓度可提高至3%。高浓度盐也可以除去多糖，在氯仿-异戊醇（24∶1）抽提后的水相中加入0.5倍体积的5 mol/L NaCl，然后再加2倍体积的乙醇使DNA沉淀，此时大部分多糖仍在上清液中，这种简单、迅速的方法可有效去除植物DNA中的多糖。此外，稀释DNA提取液也是排除多糖抑制作用的有效途径。
　　根、根茎、皮、藤木类 通常根和根茎组织中多酚、多糖含量高，在研磨时极易氧化变褐，而且蛋白质类含量较高，DNA提取溶液较为浑浊，DNA外观有一定颜色，产率较低。所以在提取根及根茎类药材时一定要注意多糖、多酚的处理。提取根及根茎类药材时水浴时间一般为90分钟，CTAB的用量为3%。此外，根茎类药材由于含纤维和贮藏物质等较多，需较多样品量才能提取到需要的DNA，因此可用大的离心管5 ml 或15 ml 抽提。皮类中药材组织中富含薄壁组织和纤维等，加液氮不易研磨成细粉，需适当增加样品量。此外，多糖、多酚类物质含量也较高，因而也要注意提高CTAB浓度，并增加β-巯基乙醇和PVP的含量。
　　叶、花、全草类 该类药材采用CTAB法或试剂盒一般都能得到比较理想的结果。但对保存时间较久的叶、花、全草类药材可适当增加水浴时间，同时适当降低水浴温度，如延长水浴时间，56℃水浴过夜。
　　果实、种子类 果实及种子类中药材中多富含油脂，研磨时易被氧化，且易黏着在研钵壁上，损失较大，所以提取时需增加样品量。另外对粉碎后的材料可用丙酮浸提，去除脂溶性酚类化合物。
　　动物药材 前期处理非常重要，动物肌肉类药材如海龙、蛇类、蛤蚧、蛤蟆油等，在消化前需进行紫外杀菌处理，充分捣碎，可以用1.5 ml 离心管微量抽提。含有脂类较多的动物内脏器官如蛤蟆油，消化前取适量用不含蛋白酶K和SDS的缓冲液浸泡，在消化缓冲液中SDS含量需稍多加一些，有利于脱去脂类，但不能太多，否则会影响缓冲系统中的pH，酚-氯仿抽提时不分层。骨甲类药材如龟甲、鳖甲、鹿茸和塞龙骨等，这类药材由于DNA含量稍少，样品量须增大，一般用大的离心管（5 ml或15 ml）抽提，在消化前还须进行脱钙处理。